De schoolleiding van het Niftarlake bestaat uit de rector 5 afdelingsleiders. Per afdeling is de afdelingsleider verantwoordelijk voor de kwaliteit en de resultaten van het onderwijs in zijn/haar afdeling.
Ter ondersteuning van de afdelingsleiders zijn er coördinatoren aangesteld die onder verantwoordelijkheid van de afdelingsleiders zorgen voor de organisatie van de afdelingen en de informatievoorziening naar ouders en leerlingen. De mentor is in eerste instantie altijd aanspreekpunt voor de ouders.
| Rector | de heer Erik Visser |
| Afdelingsleider Brugklassen | mevrouw Marijke Könst |
| Afdelingsleider tweede leerjaar |
de heer Frank Engelen |
| Afdelingsleider Mavo 3 & 4 | de heer Bram Hamburger |
| Afdelingsleider Havo 3 t/m 5 |
mevrouw Saskia Lankhorst |
| Afdelingsleider Atheneum 3 t/m 6 |
de heer Ramon van Beusichem |
| Coördinator Brugklassen | mevrouw Maxime van Wolffelaar |
| Coördinator tweede leerjaar |
mevrouw Manon Bilsen |
| Coördinatoren Mavo | mevrouw Eva Roseboom |
| Coördinator Havo 3 en 5 |
de heer Jeroen van Houte |
| Coördinator Havo 4 |
mevrouw Rianne Groen |
| Coördinator Atheneum | mevrouw Erika de Coo – Nap |